Il paese si formò su un casale arabo il "Manzil al Amir" (casale dell'emiro), vicino ai ruderi del castello arabo-normanno che dominava la valle dell'Eutero. Intorno al 1068 Ruggero d'Altavilla affrontò i musulmani e dopo averli sconfitti conquistò il territorio. Nel 1340 i Chiaramonte acquistarono il feudo con il castello dalla famiglia Caltagirone. Alla fine del 1400 il castello fu ampliato dagli Ajutamicristo, che nel 1539 vendettero baronia e castello alla famiglia Bosco. Il castello medievale di Misilmeri fu dichiarato monumento nazionale nel 1980, esso testimonia la millenaria storia della Sicilia. Nel territorio è presente tutt'oggi il passaggio degli arabi, che tramite mulini ed opere idrauliche hanno lasciato tracce profonde nel territorio.